L'Islande dresse un tableau de la propagation initiale du Covid-19 au sein d'une population bénéficiant d'une réaction cohérente en matière de santé publique

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Apr 14, 2020, 17:00 ET

L'étude allie le test ciblé le plus intensif et le dépistage général de toute la population à ce jour avec un séquençage complet du virus effectué à partir de tous les cas identifiés, afin de retracer sa mutation et sa propagation

Les résultats soulignent l'efficacité et la nécessité de tests intensifs, de l'isolement des cas et de la distanciation physique, ainsi que l'urgence d'effectuer davantage de tests pour contenir le virus et la maladie

REYKJAVIK, Islande, 14 avril 2020 /PRNewswire/ -- Les scientifiques travaillant pour deCODE genetics et leurs collègues de la Direction de la santé d'Islande et de l'Hôpital universitaire national publient aujourd'hui en ligne dans le New England Journal of Medicine une étude, basée sur la population, de la propagation initiale du virus SARS-Cov-2 (causant la maladie Covid-19) en Islande. Cette étude vise à fournir une vision aussi complète que possible de la manière dont le virus se propage dans une population, en l'occurrence l'un des 360 000 habitants, et de mettre en œuvre des mesures de dépistage, de traçage et d'isolement précoces et dynamiques pour contenir l'épidémie. Les résultats montrent que près de 0,8 % de la population, dans son ensemble, est infectée par plusieurs souches ou clades du virus, ce qui confirme la crainte que des porteurs silencieux ne propagent la maladie. Cela laisse entendre que si les efforts du système de santé publique ont été efficaces jusqu'à présent pour atténuer la propagation, davantage de données, notamment un dépistage massif de la population, seront essentielles pour apporter des informations utiles aux efforts déployés pour contenir le virus en Islande à long terme.

L'étude s'appuie sur la combinaison d'un dépistage ciblé et d'un dépistage de la population, portant sur plus de 60 000 tests/million au 4 avril, date à laquelle s'arrêtent les données de cette étude. 4 000 tests/million supplémentaires ont été effectués en Islande tous les jours depuis cette date. Les autorités sanitaires islandaises ont commencé à tester les personnes revenant de zones à haut risque (principalement des stations de ski dans les Alpes) et présentant des symptômes probables début février, un mois avant d'identifier la première infection par le SARS-Cov-2 le 28 février. Au 4 avril, ces tests ciblés avaient identifié 1 221 cas parmi les 9 199 personnes présentant des symptômes et leurs contacts. Tous les cas confirmés ont été placés en isolement, leurs contacts ont été retrouvés et mis en quarantaine à domicile pendant 14 jours. Pour compléter ces tests et donner une idée de la propagation du virus dans l'ensemble de la population, deCODE a commencé le 13 mars à tester les volontaires qui s'étaient inscrits pour un dépistage gratuit. Au 1^er avril, 10 797 personnes avaient été dépistées dans le cadre de cet effort, 87 d'entre elles (soit 0,8 %) ayant donné un résultat positif. Par ailleurs, du 1^er avril au 4 avril, 2 283 personnes choisies au hasard ont été dépistées, dont 13 (soit 0,6 %) se sont révélées positives. L'analyse des données combinées de ces tests laisse entendre que les enfants et les femmes sont, en général, un peu moins sensibles à l'infection par le SARS-Cov-2 que les hommes et les adultes.

« En essayant de cartographier soigneusement l'épidémiologie moléculaire de COVID-19 en Islande, nous espérons fournir au monde entier des données à utiliser dans l'effort collectif mondial pour freiner la propagation de la maladie », a déclaré Kari Stefansson, PDG de deCODE genetics et auteur principal du document.

deCODE a séquencé le virus à partir de 643 personnes diagnostiquées et a dessiné un arbre généalogique des différents haplotypes (chaînes de variantes de séquences) trouvés. L'analyse des données de séquence révèle que les haplotypes du virus détectés lors des premiers tests ciblés étaient presque entièrement du clade A2 provenant d'Autriche et d'Italie et qui est entré en Islande avec des personnes de retour des sports d'hiver. En revanche, les cas identifiés dans les tests ciblés plus récents et dans le dépistage de population effectué par deCODE montrent que plusieurs haplotypes du clade A1 répandus dans des pays tels que le Royaume-Uni étaient devenus plus courants, et qu'il y a maintenant une grande variété croissante d'haplotypes présents dans la population.

Cela suggère que le virus est entré en Islande à partir de nombreux pays, y compris ceux qui étaient alors considérés comme à faible risque. Actuellement, 291 mutations ont été trouvées dans le pays, mutations qui n'avaient pas été identifiées ailleurs. L'une des utilités du séquençage du virus est qu'il permet de suivre les contacts et les infections supplémentaires provenant de cas confirmés. Ces données, et le fait que la majorité des nouvelles infections proviennent de personnes déjà en quarantaine, soulignent l'efficacité générale des efforts déployés par la santé publique pour suivre et isoler ces contacts et contrôler davantage la propagation du virus.

« Pour infléchir la courbe de cette pandémie le plus vite possible, nous avons besoin d'informations scientifiquement précises sur la manière dont le COVID-19 se propage dans les communautés », a déclaré Robert A. Bradway, président-directeur général d'Amgen. « Je pense que la prompte réaction de deCODE face à cette urgence et les informations que cette entreprise a générées donneront au reste du monde une base scientifique plus solide pour éclairer les décisions de santé publique ».

Basé à Reykjavik, en Islande, deCODE est un leader mondial de l'analyse et de la compréhension du génome humain. Grâce à son expertise unique en génétique humaine, à laquelle s'ajoute une expertise croissante en transcriptomique et en protéomique des populations, et à un grand volume de données phénotypiques, deCODE a découvert des facteurs de risques génétiques liés à des dizaines de maladies courantes et a fourni des informations clés sur leur pathogenèse. L'un des buts de la compréhension de la génétique des maladies est d'utiliser ces informations pour créer de nouveaux moyens de diagnostic, de traitement et de prévention des maladies. deCODE est une filiale entièrement détenue par Amgen (NASDAQ : AMGN).

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Thora Kristin Asgeirsdottir
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